EPFL, kanser araştırmalarını hızlandıracak yeni bir doku atlası geliştirdi.
Spora: Yeni Bir Kaynak
EPFL’deki araştırmacılar, 5,000’den fazla hastadan alınan örneklerle dünyanın en büyük açık erişim mekansal proteomik doku görüntüleri koleksiyonunu oluşturdu. Spora adı verilen bu yeni kaynak, yapay zeka araştırmalarını hızlandırmayı hedefliyor.
Dokulardaki hücrelerin düzenlenişi, hastalık hakkında hücrelerin kendisi kadar bilgi verebilir. Özellikle kanser tümörleri incelendiğinde, doktorlar yalnızca hangi hücrelerin bulunduğuna değil, bu hücrelerin nasıl düzenlendiğine ve birbirleriyle nasıl etkileşime girdiğine de dikkat ederler.
Mekansal Proteomik Teknolojisi
Kanser hücrelerinin komşu bağışıklık hücreleriyle etkileşimi, hastalığın nasıl geliştiği veya tedaviye nasıl yanıt verdiği hakkında önemli ipuçları sunabilir. Bilim insanları, bu ilişkileri incelemek için mekansal proteomik teknolojisini kullanır. Bu teknoloji, çok sayıda proteini ölçerek hücrelerin konumlarını korumaktadır.
Proteinler, hücrelerin ne yaptığını kontrol etmeye yardımcı olduğu için, bu görüntüler sağlıklı ve hastalıklı dokuların nasıl çalıştığına dair değerli bir resim sunar. Ancak elde edilen verilerin birleştirilmesi zor ve zaman alıcıdır.
Spora’nın Oluşumu ve İçeriği
İki yıllık bir çalışma sonucunda oluşturulan spora, 5,477 hastadan alınmış 13,546 çoklu görüntü içermekte ve 14 farklı doku kaynağını ve beş görüntüleme teknolojisini kapsamaktadır. Ayrıca, mümkün olduğunda, moleküler ölçümlerle rutin patolojide kullanılan doku görüntüleri arasında bağlantılar da sunulmaktadır.
Projenin lideri Charlotte Bunne, araştırmacıların hazır veri setleri ile çalışarak modeller ve biyolojik sorular üzerinde yoğunlaşmalarını sağlamak istediklerini belirtiyor.
Hastalar İçin Daha İyi Tahminler
Spora, orijinal çalışmalar ve bunların notlarıyla bağlantılar sunmaktadır. Ölçülen proteinlerdeki farklılıklar, görüntüleme koşulları ve mevcut klinik bilgiler, araştırmacıların hangi veri setlerinin sorularına uygun olduğunu belirlemesine yardımcı olur.
Ayrıca, spora araştırmacılara verilere erişim ve analiz yapma, yapay zeka modelleri geliştirme ve bunların farklı çalışmalardaki performansını değerlendirme araçları sağlamaktadır.
Gelecek Hedefleri
Spora, şu anda öncelikle kanser araştırmalarına odaklanmakla birlikte, ekip daha fazla doku, hastalık ve görüntüleme teknolojisini içermeyi umuyor. Bunne, “Amacımız, binlerce doku örneği üzerinden öğrendiklerimizi bireysel hastalara yardımcı olacak içgörülere dönüştürmek” diyor. Klinik uzmanlarla yakın çalışarak, hastalığın nasıl ilerleyeceği ve hangi tedavilerin en fazla fayda sağlayacağı konusunda daha iyi tahminler yapmayı hedefliyorlar.
